农工党北京市委现有4个区委：东城区委、西城区委、朝阳区委、海淀区委。5个区工委：丰台区工委、石景山区工委、大兴区工委、门头沟区工委、通州区工委。3个基层委员会：中科院委员会、医科院委员会、北京大学委员会。6个总支：钢研总支、房山区总支、中国中医科学院东直门总支、顺义区总支、昌平区总支、生态环境总支，以及10个市委会直属支部委员会，各级组织共计229个。

       农工党北京市委下设16个专门工作机构。其中专门工作委员会13个，即医药卫生第一工作委员会、医药卫生第二工作委员会、生态环境和人口资源工作委员会、科技工作委员会、教育工作委员会、经济第一工作委员会、经济第二工作委员会、社会和法治工作委员会、文化工作委员会、妇女工作委员会、联络工作委员会、老龄工作委员会、青年工作委员会；以及高层协商专家委员会、理论研究委员会、社会服务委员会。

       农工党北京市委机关共设五个处室：办公室、组织处、宣传处、参政议政处、社会服务处。